微軟認證系統工程師 (MCSE) 是微軟認證中的高階認證之一，代表持有認證的專業人員，對微軟的伺服器，網路技術，系統管理的建置，管理，部署以及維護等工作具有相當的經驗與知識，適合網路工程師，系統管理員，系統工程師或網路管理師等職務，在早期與 MCSD 並列微軟的兩大高階認證，最早的版本是 Windows NT 3.51，接著在每個 Windows Server 的版本更新，就會更新 MCSE 的認證要求，早期的 MCSE 都要考一科網路知識的必考科目 Exam 70-058: Networking Essentials，一直到 Windows 2000 才納入 Server 的考試中。
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